以往工商部门主要在有形的货物商品贸易上维护市场秩序，现在已经把很大一部分精力转移到无形资产特别是知识产权的保护上。近年来虽然查处了一些典型案件，但由于不同执法领域存在的现实冲突导致查处工作经常遇到法律障碍，难以解决一些整体性和倾向性的问题。在商业秘密保护执法工作中也存在同样的问题，我们必须清醒地认识到在立法和执法工作与现实经济生活还存在着不尽适应之处，如对侵犯商业秘密的不正当竞争行为规定不够完善完整、法律责任不明确以及罚则过轻等等。在实际执法中所面临着种种热点、难点和疑点问题：

（一）技术信息的鉴定和反向问题

       技术信息作为商业秘密比较多见，但技术信息往往具有较强的专业性和专属性，在秘密点的判断上尤其在同一性比对方面，一般来讲工商部门都需要专业的外援；曾经办理的一起侵犯商业秘密案被法院认为鉴定结论不具合法性而导致二审败诉，给工商部门其后的执法工作带来了不少困扰。如果在今后的立法中将法定鉴定作为必经程序的话，更需要明确此类问题。

（二）经营信息的认定和垄断问题

       相比较技术信息而言，经营信息作为商业秘密的认定则更具难度，对证据关联性的要求更高。如客户名单中，客户作为经营者的交易相对人，本来是公开的，并不是不为公众知晓的秘密组织或个人，当事人往往也以这个理由进行抗辩。不容忽视的是，目前在同行业跳槽的人群中，客户随着业务员跑的现象的确客观存在，不排除客户信赖和自主选择的因素存在，尤其是针对某些专业的产品或服务，相关的“圈子内”客户也是有限而公开的，所以不能一概而论，在认定上要综合考量，否则也难免有垄断之嫌。

       除客户名单外，商业秘密还会以传真、报价单、申请书、销售计划等多种载体出现，其中也出现了不少专业领域的调查报告等，在执法实践中较难认定。

（三）对内部职工侵权行为的处罚问题

       实践中企业职工包括在职的、临时的、离退休的、“跳槽”的和“自立门户”的等，因工作关系有机会接触到商业秘密，其员工侵权行为是企业商业秘密流失的一个重要渠道，但实践中对内部职工的处罚还是不够，多以内部处分取而代之。

（四）侵权赔偿额的计算问题

       目前按照《反不正当竞争法》第20条规定，赔偿额的计算有二种：权利人的损失或侵权人的利润。但实践中全部赔偿原则往往得不到最终落实，对赔偿额的量化计算缺乏标准，存在“十赔九不足”现象，甚至在现有的补偿性赔偿制度下，侵权人在承担了损害赔偿责任后，仍存在赢利可能性，威慑力不够。

（五）侵权物品的处理问题

       《反不正当竞争法》对侵权物品的处理未做明确规定，国家工商总局在95年的《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》中规定了两种处理方式，责令并监督侵权人将载有商业秘密的相关资料返还；监督侵权人销毁相关产品，但权利人同意收购、销售等其他处理方式的除外。上述规定对于处理侵犯商业秘密中技术信息的侵权物品比较适用，但对于侵犯经营信息的侵权物品照此处理则不尽合理。

（六）执法手段有限的问题

       1998年12月3日，国家工商行政管理局发布《修改《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》中超越《行政处罚法》规定处罚权限的内容》的规定，取消了“扣留”当事人财物的权力。强制措施的运用对于商业秘密案件的调查取证工作至关重要，但目前的法律规定失之于软，一定程度上影响到实际执法的效果。