任何制度、任何事物都有利有弊、有得有失。对于一项创新究竟要采取专利或商业秘密保护抑或部分采取商业秘密保护，部分则争取专利保护，原本是一个必须由当事人谨慎思考的商业决定，没有一定的公式可以套用，也与法律规制的本身并无直接的关系。但是法律规制则会对企业或经营者的成本效益、进而做出如何的商业决定产生很大的影响，也从而会进一步反应到整个市场环境，因此不能不慎重。
相对于专利权而言，商业秘密保护至少具有下列的优点：
       （1）只要能继续处于保密状态，就没有任何期间的限制，而专利权（发明专利）一般则是自提出申请起20 年内；               （2）商业秘密不需要经过任何行政审批，从而没有任何的申请与维持费用，成本相对低廉（但保密措施的成本则另当别论）；
       （3）商业秘密可立即生效；

       （4）商业秘密不需要向任何政府机构披露，因此也没有任何的固定申报等合规性的负担与经由政府部门导致信息外泄的风险。
       不过寻求以商业秘密做为保护信息的途径也至少有下列的缺点：
       （1）相关的秘密信息无法阻止他人以合法的途径或手段来从事破解、分析（如“ 反向工程”），因为行使对商业秘密的保护并非排他权；
       （2）一旦商业秘密被公开，无论其所依循的途径是合法抑或非法，任何获得原作为秘密信息的人都可对其自由取用和使用；
       （3）相对于专利权，一般而言商业秘密的“维权”较为困难而且力道、广度、深度、范围与影响也不若专利维权；               （4）有的国家配套的司法保全程序不足，难以及时提供必要的救济；
       （5）一项商业秘密信息可能反会被他人以合法的途径捷足先登，率先取得专利权保护，从而陷于被动。