如何计算被害人的损失数额，是商业秘密刑事案件中的疑难问题。最高人民检察院、公安部2010年5月7日发布的《关于公安机关管理的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》、最高人民法院、最高人民检察院《关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释》（法释［2004］19号）对商业秘密的起刑点、特别严重情节等做了具体规定。

    被害人损失数额一般应该委托取得《司法鉴定许可证》而且业务范围包括司法会计的会计师事务所进行。

    根据公安部《关于在办理侵犯商业秘密犯罪案件中如何确定“给商业秘密权利人造成重大损失”计算方法的答复》规定“对难以计算侵犯商业秘密给权利人所造成的损失的，司法实践中一般可参照《中华人民共和国反不正当竞争法》规定的民事赔偿额的计算方法。”。

    《最高人民法院关于审理不正当竞争民事案件应用法律若干问题的解释》（2007年2月1日起施行）第十七条规定“确定反不正当竞争法第十条规定的侵犯商业秘密行为的损害赔偿额，可以参照确定侵犯专利权的损害赔偿额的方法进行；……因侵权行为导致商业秘密已为公众所知悉的，应当根据该项商业秘密的商业价值确定损害赔偿额。商业秘密的商业价值，根据其研究开发成本、实施该项商业秘密的收益、可得利益、可保持竞争优势的时间等因素确定。”