在审判涉及商业秘密侵权案件中，当事人对于鉴定结论存在异议，申请重新鉴定的，人民法院应根据具体情况，对确实属于法律规定的有必要重新鉴定的情况的，为了案件审判的顺利进行，保障当事人的合法权益，以及作出公正裁判，应当予以批准。而法院认为原鉴定主体、程序和内容都合法，鉴定结论合理，不需要重新鉴定的，驳回重新鉴定的申请。

    最高人民法院关于印发《人民法院司法鉴定工作暂行规定》的通知第十四条规定，有下列情形之一需要重新鉴定的，人民法院应当委托上级法院的司法鉴定机构做重新鉴定：(一)鉴定人不具备相关鉴定资格的;(二)鉴定程序不符合法律规定的;(三)鉴定结论与其他证据有矛盾的;(四)鉴定材料有虚假，或者原鉴定方法有缺陷的;(五)鉴定人应当回避没有回避，而对其鉴定结论有持不同意见的;(六)同一案件具有多个不同鉴定结论的;(七)有证据证明存在影响鉴定人准确鉴定因素的。

    《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》(法释〔2001〕33号)第二十七条规定，当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应予准许：(一)鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格的;(二)鉴定程序严重违法的;(三)鉴定结论明显依据不足的;(四)经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。   河南省高级人民法院关于印发《河南省高级人民法院商业秘密侵权纠纷案件审理的若干指导意见(试行)》的通知中提出，鉴定结论存在鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格、鉴定程序违法、鉴定结论明显依据不足、经过质证认定不能作为证据使用等情形的，当事人申请重新鉴定的，应予准许。

    因此，我们认为，根据以上司法解释的规定，有下列情形之一的，当事人申请重新鉴定的，人民法院应当委托司法鉴定机构做重新鉴定。(一)鉴定人不具备相关鉴定资格的; (二)鉴定程序不符合法律规定的; (三)鉴定结论与其他证据有矛盾的; (四)鉴定结论明显依据不足的; (五)鉴定材料有虚假，或者原鉴定方法有缺陷的; (六)鉴定人应当回避没有回避，而对其鉴定结论有持不同意见的; (七)同一案件具有多个不同鉴定结论的; (八)有证据证明存在影响鉴定人准确鉴定因素的。 (九)经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。

    是否有缺陷的鉴定结论都要重新鉴定呢？答案是否定的。《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二十七条第二款规定：“对有缺陷的鉴定结论，可以通过补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法解决的，不予重新鉴定”。也就是说，可以通过补充鉴定、重新质证或补充质证等方式解决的，法院应当不允许重新进行鉴定。笔者理解这个规定的理由是：重新鉴定不仅费时导致案件久拖不决，重新鉴定容易耗费司法鉴定社会资源，而且反复鉴定会造成同一个案件出现多份司法鉴定意见，造成“司法鉴定意见”冲突、“打架”，使得本来非常严肃的司法鉴定意见显得不严肃。

    而关于申请重新司法鉴定的次数问题，法律和司法解释并未明确规定。我们认为，本着实事求是的精神，符合上述四种情形之一的，当事人都可申请重新鉴定，没有次数的限制。至于重新鉴定的机构确定问题，也应由当事人重新进行协商，协商不成的由法院指定。现在北京法院系统一般采取摇号的方式确定司法鉴定机构。